Вениамин Фишман

Последние публикации канала «Вениамин Фишман»

1. 604 просмотров, 57 реакций, 09 июл. 2026 г.

   В Новосибирске в самом разгаре конференция БГРС. Сегодня прошла секция по 3D-геномике. С удовольствием слушал работы из группы Сергея Владимировича Разина, Екатерины Евгеньевны Храмеевой, из нашей лаборатории - от биофизики полимеров до поиска хромосомных перестроек на основе Hi-C. И, конечно же, с огромным удовольствием вчера провели неформальную часть этого мероприятия. До новой встречи на следующем BGRS, будем ждать вас в Новосибирске в 2028! П. С. На видео - последний докладчик недоволен нарушением ТАД в локусе shh. Смотреть со звуком!

   Открыть пост в MAX
2. 1.2K просмотров, 33 реакций, 06 июл. 2026 г.

   Развернул Claude for Science для своей лаборатории. Вот первый отзыв. статьи плохо ищет, надо прям говорить где! в doi ошибается (биомни ни разу не ошибался) еще просит емейл для своего api-ключа, чтобы агента сайты не блочили или что-то такое… пока не знаю, в чем профит по сравнению с биомни (код, наверное, лучше пишет, но в остальном не знаю...) Ну может допилят ещё

   Открыть пост в MAX
3. 1.1K просмотров, 50 реакций, 03 июл. 2026 г.

   Вышло постановление Правительства РФ №750 «О передаче генетических данных человека за пределы территории Российской Федерации»: http://publication.pravo.gov.ru/document/0001202606190021 Постановление готовилось в соответствии с принятым ранее в этом году Федеральным законом №43-ФЗ от 20 февраля 2026 года, который запрещал передачу генетических данных человека иностранным физическим и юридическим лицам. Постановление Правительства №750 конкретизирует детали реализации этого закона, в частности по наиболее чувствительному для ученых вопросу о публикации статей по генетике человека в научных…

   Открыть пост в MAX
4. 982 просмотров, 30 реакций, 03 июл. 2026 г.

   ​ Российские ученые создали нейросеть для картирования генов по последовательности ДНК https://nplus1.ru/news/2026/07/03/genatator

   Открыть пост в MAX
5. 1.1K просмотров, 37 реакций, 01 июл. 2026 г.

   Как разобрать геном по полочкам Прочитать последовательность ДНК сегодня нередко проще, чем понять её содержание. Секвенатор выдаёт длинную последовательность из A, T, G и C, но исследователям ещё нужно найти в ней гены, определить их границы, отделить экзоны от интронов и понять, какие участки кодируют белки. Для человека, мыши и нескольких других модельных организмов такие карты собирали десятилетиями. У большинства видов известна только сама последовательность. На момент анализа хотя бы какая-то аннотация существовала лишь для 166 из 4582 геномных сборок млекопитающих. Для ускорения этой…

   Открыть пост в MAX
6. 833 просмотров, 28 реакций, 01 июл. 2026 г.

   Коллеги попросили прорекламировать магистратуру ФББ МГУ по направлению "Применение машинного обучения в биологии". С удовольствием делюсь их постом. —- Зачем учиться, если всех заменит ИИ? Искусственный интеллект сегодня умеет писать код и решать дифференциальные уравнения. Кажется, обложившись чат-ботами и умными агентами, каждый из нас может заниматься чем пожелает. Но на самом деле это не так. Языковые модели зачастую хорошо отвечают только на банальные запросы и выдают пользователям самую поверхностную информацию. А, например, в науке ценятся узкая экспертиза и внимание к деталям. Именно…

   Открыть пост в MAX
7. 1.0K просмотров, 25 реакций, 01 июл. 2026 г.

   Я многим рассказываю про phylo - облако для решения биоинформатических задач под управлением LLM. Вчера Claude анонсировал аналогичную систему - Claude for Science. Видео анонса можно посмотреть по ссылке: https://www.youtube.com/live/l-7BgzRkq1Y?si=TJGLlj7GXagzJhqZ&t=5011 Интересное начинается примерно с 1:20:00 (на этот момент ведет ссылка) - пример, в котором, как Claude for Science сама пишет и выполняет биоинформатический пайплайн для поиска новой молекулы - лекарства от фенилкетонурии. Но если вам интересно послушать рассуждения Дарио Амадеуса (CEO Антропика) про будущее ИИ - начинайте…

   Открыть пост в MAX
8. 1.8K просмотров, 47 реакций, 30 июн. 2026 г.

   Генетика ответа на оземпик и аналоги. В Nature опубликовали результаты GWAS на эффективность терапии агонистами GLP1-рецептора (=оземипик) и на развитие побочных реакций на эту терапию. Например, если у вас есть определенная замена в белке GLP1, то в среднем при ответе на оземпик вы потеряете на 0.7 кг больше, чем пациенты без этой замены. А одна точка в геноме (rs11760106) повышает ваш шанс на развитие рвоты при приеме оземпика в 1.5 раза. Интересно, как был построен сбор данных. Статью опубликовала компания 23andMe, не академический научный институт. Они провели анкетирование своих бывших…

   Открыть пост в MAX
9. 1.2K просмотров, 143 реакций, 28 июн. 2026 г.

   Последний раз в жизни я голосовал на трассе лет, кажется, в 20. Тогда я почему-то решил, что умение поймать попутку - это очень полезный социальный навык, который обязательно нужно попрактиковать - и неделю добирался с дачи до работы на перекладных. Сегодня мне в полной мере пригодились эти навыки. Потратив полтора часа на то, чтобы удостовериться, что такси в Дорохово (где проходила конференция) не приедет ни за какие деньги, а также выяснив, что гостиничное такси стоит дороже, чем мой билет на самолёт Москва-Новосибирск (это не преувеличение), я вышел на трассу с рюкзаком и стал…

   Открыть пост в MAX
10. 1.3K просмотров, 50 реакций, 27 июн. 2026 г.

    Выступаю на юбилейной конференции отдела ДНК-диагностики МГНЦ. Два фан-факта: 1. Александ Владимирович рассказывал как когда-то в начале двухтысячных коллеги обнаружили в одной семье миссенс мутацию, сегрегирующую с наследственным заболеванием зрения. В семье было трое больных детей. В очередной репродуктивный цикл сделали ПЦР-тест и выбрали эмбрион без мутации. Родился здоровый ребенок - это был большой успех (сейчас такое делается рутинно, но тогда это было непросто). Через 15 лет коллеги из Польши на основе новых данных опубликовали статью о том, что этот вариант не является патогенным.…

    Открыть пост в MAX
11. 1.6K просмотров, 23 реакций, 15 июн. 2026 г.

    Я много рассказываю на этом канале о языковых моделях ДНК. Это направление вызывает большой интерес в академических исследованиях, однако широкое практическое применение в реальном секторе экономики эти модели пока не получили (см. также пост о первых попытках коммерциализации) . Сегодня стало известно, что авторы статьи Evo2 получили 50 млн долларов венчурных инвестиций на создание коммерческой компании, в основе которой лежит их усовершенствованная модель Omnii: https://www.radicalnumerics.ai/blog/radical-numerics-seed Для сравнения - это примерно 2 годовых бюджета большого академического…

    Открыть пост в MAX
12. 2.2K просмотров, 31 реакций, 11 июн. 2026 г.

    И ещё из интересных новостей - хочу подсветить вот эту заметку в Nature о генной терапии, в которой проводят "омолаживание" клеток вирусами, несущими факторы Яманаки. Это такие транскрипционные факторы, возвращающие взрослые клетки в эмбриональное состояние. Звучит немного фантастически, и к результатам дейтвительно нужно относиться с осторожностью - ряд работ, в том числе нашей группы, неоднократно показывал онкогенный потенциал этих факторов. Но данные авторов довольно обнадеживающие - "омоложение" клеток ретинального ганглия глаза у мыши в позднем возрасте позволяет запустить процесс…

    Открыть пост в MAX
13. 1.7K просмотров, 14 реакций, 11 июн. 2026 г.

    В твиттере развернулась интересная дискуссия вокруг этой статьи Вкратце, статья показывает, что с увеличением размера и сложности модели, а также при увеличении количества данных для обучения, качество решения задач single-cell транскриптомики практически не меняется. И довольно большие модели работают не намного лучше простых методов вроде метода главных компонент. Этот результат вызывал много критики по отношению к создателям больших моделей от корифеев области - Sasha Gusev , Anshul Kundaje и других. Очевидно, что нам нужны новые архитектуры, режимы тренировки и, возможно, данные (хотя…

    Открыть пост в MAX
14. 1.4K просмотров, 16 реакций, 10 июн. 2026 г.

    Продолжаю серию постов о том, как использовать агентов (Codex) с биоскилами ( ClawBio ) и наши модели для предсказания экспрессии генов, чтобы решать разные биомедицинские задачи. Вот тут мы показываем, как можно предсказывать in silico последствия делеции в промоторе. Кстати, помимо наших моделей очень рекомендую для этой цели PromoterAI от Illumina П.С. в комментариях пишут, что PromoterAI не очень хорошо справляется со сложными кейсами. Так что не рекомендую. Не факт, правда, что наши модели лучше, в прямую не сравнивали ))

    Открыть пост в MAX
15. 1.3K просмотров, 22 реакций, 09 июн. 2026 г.

    Я много занимаюсь 3D-геномикой и, как и в других разделах геномики, в этой области очень большая часть анализа делается не только статистическими/ML/биоинформатическими методами, но ещё и при "ручном" отсмотре данных в программе-визуализаторе (IGV, UCSC и т.п.). Для 3D-данных есть два стандартных инструмента – Juicer/Juicebox и CoolTools/Cooler. Недавно мне написала команда из ITMO, которая разрабатывает альтернативу - по словам авторов, в разы быстрее и исправляет некоторые недочёты этих инструментов. С удовольствием распространяю ссылку на их софт: https://github.com/ctlab/HiCT_JVM/releases…

    Открыть пост в MAX